تعتبر شعبة الدراسات العليا للماجستير في الكلية جزءا من قسم الفقه وأصوله، حيث يمنح الطالب شهادة الماجستير في الفقه المقارن، ويبلغ عدد الطلبة حاليا 44 طالبا، وتضم الشعبة أربعة مدرسين من المتخصصين في مجال الفقه المقارن يحمل ثلاثة منهم رتبة أستاذ دكتور. وقد تم مناقشة العديد من الرسائل الجامعية التي أشاد مناقشوها بالمستوى العلمي لتلك الرسائل، كما أكمل الكثير من طلبة الماجستير دراسة الدكتوراه في الجامعات الأردنية الحكومية. ومن أبرز مجالات العمل لطلبتنا الخريجين والذين يتم متابعتهم بعد التخرج: 1- التدريس في وزارة التربية والتعليم.2- الإمامة والخطابة في وزارة الأوقاف.3- دائرة الإفتاء العام.4- دائرة قاضي القضاة.